Mija 200 lata od wydarzeń w kolonii karnej na Furii 361. USM „Auriga” to statek kosmiczny, na pokładzie którego przeprowadza się eksperymenty naukowe, mające na celu wykorzystanie obcej formy życia jako broni doskonałej. Ripley, którą sklonowano, by pozyskać zarodek królowej obcych, także jest obiektem badań.

Do statku cumuje jednostka z załogą przemytników dostarczających wojskowym naukowcom ciał ludzi. Mają one pełnić rolę inkubatorów dla obcych. W tym czasie dorosłym ksenomorfom udaje się uciec. Sprzymierzona z niedobitkami załogi i przemytnikami Ellen Ripley ponownie staje twarzą w twarz z obcymi. Tym razem jednak jest na to zdecydowanie lepiej przygotowana…