Kubo jest dobrym, pokornym chłopcem, który u boku matki mieszka w skromnej wiosce na końcu świata. Każdy dzień toczy się tym samym spokojnym rytmem – do czasu, kiedy chłopca odwiedza duch przeszłości, który zmienia jego przeznaczenie. Aby przetrwać, Kubo musi odnaleźć magiczną zbroję należącą do jego ojca – największego samuraja, jakiego kiedykolwiek nosiła Ziemia. W poszukiwaniach towarzyszą mu dobre duchy i pradawne bóstwa, które wspierają go magicznymi mocami. Tak Kubo wyrusza w fascynującą, pełną niebezpieczeństw podróż śladami swej rodziny. Podróż ta pozwoli mu poczuć dumę z tego, kim jest i uwierzyć, że możliwe jest wszystko.