“Ninja Assassin” przedstawia losy Raizo (Rain), jednego z najbardziej niebezpiecznych zabójców na świecie. Zabrany z ulicy jako dziecko, został wyszkolony na śmiercionośnego mordercę przez Klan Ozunu Clan, tajne bractwo, którego istnienie stało się już mitem. Poruszony śmiercią przyjaciela, bez litości zabitego przez Klan, Raizo zrywa ze swymi mocodawcami i... znika. Teraz cierpliwie czeka, przygotowując swoją zemstę.