Odkąd ojciec chłopca zmarł w więzieniu, oskarżony o przestępstwo, którego nie popełnił, życie chłopca nie układa się jak trzeba. Owen zyskuje szansę przywrócenia ojcu dobrego imienia dzięki nauczycielowi informatykowi, który udostępnia mu Animusa – urządzenie pozwalające przenieść się do wspomnień genetycznych zapisanych we własnym DNA. Podczas symulacji Owen odkrywa istnienie Trójzębu Edenu – starożytnego artefaktu, znanego tylko z legend. Odtąd asasyni i templariusze nie cofną się przed niczym, by zdobyć ten bezcenny przedmiot. Żeby wyjść z tego cało, chłopiec musi znaleźć go jako pierwszy.

Owen wraz z grupą przyjaciół przenoszą się do wspomnień zapisanych w ich własnych kodach genetycznych. Trafiają w sam środek nowojorskich protestów przeciw przymusowemu poborowi w 1863 roku, a następnie do imperium Azteków podbijanego przez Hernána Cortésa. Będą musieli się sprawdzić w tych bezwzględnych czasach, a ich doświadczenia z przeszłości wywrą ogromny wpływ na teraźniejszość.