Simon Hathaway, członek Wewnętrznego Sanktuarium Zakonu Templariuszy, staje na czele wydziału Badań Historycznych Abstergo Industries, wnosząc do nowej pracy swoje analityczne podejście i chłodne spojrzenie. Ale Simon jest także głodny wiedzy i zafascynowany możliwością bezpośredniego doświadczania historii poprzez wspomnienia swojego przodka, Gabriela Laxarta, który walczył ramię w ramię z legendarną Joanną d’Arc. Kiedy zaczyna korzystać z nowego modelu Animusa, odkrywa fakty, na które nie był przygotowany: dowiaduje się, jak głęboko sięgają źródła konfliktu templariuszy i asasynów, a także jak wiele gotów był zrobić jego przodek dla ukochanej kobiety. Poznając dawne tajemnice, Simon musi zmierzyć się z odpowiedzią na niebezpieczne pytanie: kto tak naprawdę jest heretykiem, a kto prawowiernym wyznawcą?