Od dramatycznych wydarzeń w kolonii karnej na Fiorinie 161 minęło prawie dwieście lat, niebezpieczeństwo ze strony obcych zniknęło i ludzkość odetchnęła z ulgą. Jednak na dalekiej orbicie Plutona krąży ogromny statek badawczy „Auriga”, a na jego pokładzie grupa naukowców pod ochroną wojska prowadzi w tajemnicy eksperymenty naukowe, by odtworzyć zniszczony gatunek i uczynić z niego broń doskonałą. Droga do tego wiedzie przez wskrzeszenie Ellen Ripley.

Ripley pamięta jedynie własną śmierć. A mimo to żyje i odkrywa, że eksperyment zmienił zarówno ją, jak i istotę, którą w sobie nosiła. Wkrótce po tym, jak na „Auridze” ląduje statek przemytników z nietypowym ładunkiem, sytuacja wymyka się spod kontroli. Zmuszona połączyć siły z kosmicznymi renegatami i garstką ocalałych członków załogi, Ripley kolejny raz staje do walki.