Trzynaście lat przed wydarzeniami opisanymi w książce na lotnisku pojawia się znikąd tajemniczy samolot z 36 niemowlętami na pokładzie. Pracownicy lotniska wynoszą dzieci z samolotu, by potem zgodnie z poleceniem wezwanego agenta FBI zataić wszystko, czego byli świadkami. Nie jest to łatwe dla młodej pracownicy, Angeli DuPre, która nie tylko jako pierwsza weszła na pokład, ale również widziała, jak samolot zniknął zaraz po ewakuowaniu dzieci.

Trzynaście lat później adoptowany chłopiec imieniem Jonah, jego nowy kolega Chip oraz siostra Jonaha Kathrine uwikłani zostają w serię niezwykłych zdarzeń, które mają związek z faktem, że obaj chłopcy zostali adoptowani trzynaście lat temu. Zaczynają otrzymywać od kogoś listy ostrzegające ich przed niebezpieczeństwem: „jesteś jednym z zaginionych”.

Jonah, Chip i Katharine starają się rozwikłać zagadkę, w której głównymi elementami są: agent FBI, przemyt dzieci, niezidentyfikowany samolot i ludzie, którzy pojawiają się nie wiadomo skąd i znikają nie wiadomo gdzie. Jak Jonah i Chip zachowają się w momencie krytycznym?