Każda gra w „Mage Knight” jest rozgrywana zgodnie z jednym ze scenariuszy znajdujących się w instrukcji. Pomimo swojej nazwy, scenariusz nie jest zapisem ściśle określonych kroków w grze. Scenariusz ustala podstawowe wytyczne oraz cel danej rozgrywki. Każda rozgrywka jest inna dzięki: losowo zbudowanej mapie, różnym kartom do zdobycia i różnym wrogom do pokonania. Możesz próbować grać kolejno każdy scenariusz lub rozgrywać tylko te, które najbardziej ci odpowiadają.

Scenariusze dzielą się na konfrontacyjne i kooperacyjne. Gracze mają pełną dowolność w wyborze najbardziej odpowiadającego im wariantu.