Jest jesień 1890 roku. Na zaproszenie swego przełożonego, właściciela dobrze prosperującego domu bankowego, młody buchalter Mateusz Garstka porzuca obskurne lokum na poddaszu jednej z krakowskich kamienic i wprowadza się do starej, malowniczej willi, usytuowanej na obrzeżach miasta. Szybko jednak orientuje się, że propozycja nie była całkowicie bezinteresowna, a zabytkowy budynek kryje w sobie niejedną przerażającą tajemnicę.

Tytułowe „Podziemia” to nie tylko mroczny obszar, który rozciąga się pod willą Topolskich, lecz także upiorna rzeczywistość skrywana za szczelną zasłoną prestiżu, zaufania oraz wysokiej pozycji społecznej.