Gdy w 1998 roku doktor Andrew Wakefield opublikował w czasopiśmie naukowym „The Lancet” artykuł o związku szczepionki przeciwko śwince, różyczce i odrze z występowaniem u dzieci autyzmu, świat zawrzał. W wielu krajach pojawiły się ruchy antyszczepionkowe, których zwolennicy odmawiali szczepienia dzieci.

Brian Deer udowodnił Wakefieldowi fałszowanie badań medycznych i działanie na szkodę pacjentów. Odkrył też, że guru antyszczepionkowców za napisanie artykułu otrzymał ponad czterysta tysięcy dolarów. „Wojna o szczepionki” to zapis tego czternastoletniego śledztwa. Niczym medyczny detektyw Deer wyciąga na światło dzienne manipulacje i wątpliwe powiązania Wakefielda, doktora bez pacjentów – ale za to z rzeszą zwolenników, którzy nadal widzą w nim bohatera, który podjął nierówną walkę z koncernami farmaceutycznymi. Po czyjej stronie jest prawda?