U progu Ery Meiji dwóch samurajów – Manzō Shiotsu i Hikosaburō Sōma wyrusza do Stanów Zjednoczonych, by tam zacząć wszystko od nowa. Osiadają na dłużej w stanie Wyoming, gdzie mieszkają wiodąc proste życie aż do dnia, gdy ratują z rąk białych indiańską dziewczynę. Od tej pory ich los splata się z losem plemienia Oglalów należącego do konfederacji Dakota (Siuksowie). Waleczność i odwaga, które cechują dwóch przybyszów, sprawiają, że zdobywają oni uznanie wśród Indian oraz przyjaźń wodza – Szalonego Konia. Stają się częścią plemienia, przyjmując imiona: Podniebny Orzeł i Wietrzny Wilk.

W „Podniebnym Orle” podobnie, jak w innym dziele Taniguchiego – „Księdze Wiatru”, historia miesza się z fikcją, a bohaterowie uczestniczą w wydarzeniach, które faktycznie miały miejsce. Dodatkowo autor po raz kolejny udowadnia, że w przedstawianiu piękna natury, mało kto jest mu w stanie dorównać.